Junnikkala Oy huolehtii siitä, että sen käyttämä puu ei ole peräisin luonnonsuojelualueilta tai muilta alueilta, joilla puunhankinta vaarantaisi merkittäviä luonnonarvoja sekä on perillä puun alkuperästä. Junnikkala Oy kannustaa metsän myyjiä ja alihankkijoita käyttämään metsänhoidon menetelmiä, jotka turvaavat metsäluonnon monimuotoisuuden ja vähentävät vesistö- ja maisemahaittoja.

Junnikkala Oy ja puuntuottajat sopivat keskenään molempia osapuolia tyydyttävän metsänhoidon noudattamisesta puun oston yhteydessä allekirjoitettavalla luontoliitteellä.
Junnikkala Oy vaatii muilta puunhankintaorganisaatioilta ostettavan puun täyttävän samat vaatimukset, jotka asetetaan omalle puunhankinnalle. Junnikkala Oy tekee yhteistyötä puunhankinta-alueensa Metsänhoitoyhdistysten ja Metsäkeskuksen kanssa mm. metsänhoitosuunnitelmien parantamiseksi.

Junnikkala Oy käyttää puunkorjuussa urakoitsijoita, joiden toiminnassa, hakkuutavassa, kaluston valinnassa, koneiden huollossa ja vahinkoihin varautumisessa otetaan huomioon ympäristönäkökohdat. Junnikkala Oy:n puunhankinta on asettanut tavoitteeksi hallita ja vähentää puunkorjuun ja kuljetusten luontoon, monikäyttömahdollisuuksiin ja maisemaan sekä naapureihin mahdollisesti kohdistuvia haittoja. Suomen metsäsertifiointi on myöntänyt Junnikkala Oy:lle puun alkuperäketjun hallinnan sertifikaatin Annex 4 of PEFC.

Junnikkala Oy:lle myönnettiin standardin ISO 14001:2004 mukainen ympäristösertifikaatti vuonna 2001. Ympäristöasioiden hyvä hoito varmistetaan ympäristöarvioinneilla, sisäisillä ja ulkoisilla tarkastuksilla